Poleg mikroskopov in petrijevk so za mikrobiologe pomembno orodje tudi računalniki. Programska oprema za mikrobiološke raziskave vključuje orodja, ki jih uporabljajo druge znanstvene in inženirske discipline, pa tudi posebne programe za preučevanje bakterij in drugih mikroorganizmov. Številne aplikacije, ki so jih razvile vladne agencije, neprofitne fundacije ali akademski raziskovalci, so na voljo kot brezplačna programska oprema za prenos in uporabo, kot to zahteva vaš eksperiment ali laboratorij.
Orodja za vizualizacijo
Fizična ali duševna slika neobdelanih podatkov, ki jih zbirate, vam lahko pomaga bolje razumeti njihovo kakovost, pomen in posledice. Odprtokodna in komercialna programska oprema za vizualizacijo podatkov je široko dostopna za mikrobiološke raziskave. Ustvarite grafikone in grafikone podatkov s pomočjo LibreOffice Calc, Microsoftovega Excela ali sistema za vizualizacijo podatkov Mondrian. Aplikacije Cell-O in RasMol vam pomagajo ustvariti 2D in 3D animirane modele biološko pomembnih molekul, kot so beljakovine in aminokisline.
Matematično modeliranje
Velike zbirke mikrobioloških podatkov pogosto dajejo pomembnejše informacije, ko so numerično analizirane. Programski paketi MATLAB, Octave in SciPy, ki izvajajo matematično prečiščevanje, analizo in modeliranje podatkov znanstvenikov. Uporabite te pakete za ocenjevanje parametrov s pomočjo prilagajanja krivulje, epidemioloških napovedi, simulacij rasti bakterij in odpravljanja hrupa podatkov ali stohastičnega učinka. Ta aplikacija izvaja tudi statistične izračune, kot so analiza variance ali testi hi-kvadrat.
Bioinformatika genoma
Programske aplikacije za mikrobiologijo vam pomagajo tudi vizualizirati in izkopati informacije iz zaporedja nukleinskih kislin, ki tvorijo DNA mikroorganizma. Open Bioinformatics Foundation ponuja brezplačne odprtokodne aplikacije za zaporedje in analizo DNA, kot sta BioJava in Biopython, ki izvlečejo podatke iz bank informacij o genomih, razčlenijo kodo DNK organizma in jo primerjajo z drugimi vzorci DNK. Dodatni paketi za analizo genomov vključujejo Emboss, HMMER, Clustal Omega, Paket sklepov o filogeniji ali PHYLIP in Manipulation Sequence Suite ali SMS.
Referenčna programska oprema
Zaradi hitrih znanstvenih odkritij v mikrobiologiji in spreminjanja vladnih predpisov je bistvenega pomena, da imajo mikrobiologi pripravljen dostop do informacij, ki vplivajo na njihovo delo. HUGO je komercialni programski paket, ki mikrobiologom zagotavlja aktualne informacije o orodjih, kemikalijah, opremi, gojiščih, varnostnih zahtevah, novih organizmih, taksonomskih spremembah in antibiotikih. Poleg tega lahko mikrobiologi, ki se ukvarjajo s prehrambeno znanostjo, s pomočjo spletnega programa ComBase Browser dostopajo do mikrobioloških podatkov, povezanih s hrano, ki jih zagotavljajo vladne agencije v Združenem kraljestvu, Avstraliji in ZDA.
