Nekateri hekerji morda ne skrbijo za posledice svojih dejanj, vendar obstaja malo razprave o tem, da ima hekanje več negativnih učinkov. Podjetja in vlade porabijo neizmerno veliko za preprečevanje vdorov v škodo. Obsežni hekerski napadi povzročajo veliko škodo na spletnem mestu, finančno škodo in nevšečnosti.
Izgube pri prodaji
Ko spletno mesto podjetja vdremo, lahko dlje časa ne deluje. V tem času lahko podjetje izgubi stranke in denar, ker njegovo spletno mesto ne deluje. Če podjetje izdelke prodaja prek svojega spletnega mesta, lahko izgubi še več dohodka. Če spletno mesto podjetja okuži obiskovalce, se lahko odločijo, da tega spletnega mesta ne bodo več obiskovali, tudi če je znova varno. Citigroup je dejal, da je junija 2011 ob vdoru v njegovo spletno stran izgubil 2,7 milijona dolarjev.
Dodatni stroški
Podjetja in vlade morajo prav tako porabiti precejšnja sredstva za plačilo tehnikov za obnovo vdrtih spletnih mest. Ko so aprila 2011 hekerji napadli Sonyjevo omrežje PlayStation 3, je družba za odpravo škode zapravila 170 milijonov dolarjev, poroča PCWorld. Lastniki spletnih mest morajo plačati tudi varnostne in zaščitne ukrepe, da preprečijo morebitne hekerske napade.
Izguba podatkov
Ko hekerji prodrejo na spletno mesto, pogosto spremenijo in uničijo podatke. Nekatere od teh podatkov je po napadu mogoče obnoviti, nekatere pa lahko izgubimo za vedno. Podatki, izgubljeni s poslovnega ali vladnega spletnega mesta, imajo lahko nešteto škode in negativne posledice. Če bi heker na primer uničil računovodske datoteke podjetja, podjetje ne bi več vedelo, kdo mu je dolžan denar. Najbolj impresivne številke prihajajo iz lanskega leta. RSA Security je trpel, ko je bilo marca 2011 ukradenih 40 milijonov zaposlenih, ki jih je obravnavalo, zaradi kraje.
Negativni ugled
Če je spletna stran podjetja ali vladne agencije ponavljajoča tarča hekerjev, lahko na koncu bistveno pogosto pade. Posledično lahko organizacija, ki stoji za spletnim mestom, pridobi negativni ugled. Nekateri potrošniki morda mislijo, da podjetje slabo oblikuje svojo spletno stran, uporablja amatersko zaščito ali je celo kaj naredilo, da bi razjezilo hekerje. Adobe Systems Inc. je oktobra 2013 utrpel škodo zaradi ugleda, ko so hekerji odstranili seznam uporabniških imen in gesel računov svojih strank.
