Amazon Kindle je združljiv z več vrstami elektronskih knjig (e-knjig) in uporablja različne vrste datotek, odvisno od okoliščin. E-knjige, kupljene prek Amazona, uporabljajo lastniški format podjetja, ki vključuje sistem zaščite digitalnih pravic za upravljanje ali DRM. Vendar pa Kindle ne zahteva vedno uporabe gradiva, zaščitenega z avtorskimi pravicami, in sprejema druge oblike v stanju brez DRM.
AZW
Amazon je svojo lastniško obliko e-knjig, ki uporablja predpono ".AZW", objavil istočasno z izidom prvotne naprave Kindle. Format uporablja lastno obliko zaščite DRM, da se izogne kraji avtorskih pravic. Omogoča vse oblike oblikovanja besedila in vključuje ilustracije in naslovnice v e-knjigah. Uspeh naprave Kindle je pripeljal format AZW do dramatičnega povečanja priljubljenosti. Zdaj ga poleg Kindle podpira tudi vrsta druge programske in strojne opreme za elektronsko branje.
MOBI in LRK
Format e-knjig Mobipocket je označen s predpono ".MOBI", ki je zamenljiva z vrsto datoteke ".PRC", ki je bila prvotno popularizirana v paleti PDM naprav Palm Pilot. Lastniška oblika Kindle temelji na standardu Mobipocket, vendar se razlikuje po načinu zaščite avtorskih pravic. E-knjige MOBI omogočajo oblikovanje besedila, naslovno sliko in elektronske zaznamke. Eden najdaljših formatov e-knjig, MOBI, je ena najbolj priljubljenih in široko podprtih vrst elektronskih knjig. Kindle ne more uporabljati datotek MOBI, zaščitenih z DRM, čeprav je Amazon zdaj lastnik podjetja Mobipocket.
Kindle prvotno ni podpiral Adobejeve priljubljene vrste datotek PDF. Združljivost je bila od takrat dodana s posodobitvijo programske opreme, čeprav je ta združljivost omejena na preproste različice odprtega tipa dokumenta. PDF-ji pogosto vsebujejo zapleteno grafiko, paginacijo in internetne funkcije, ki jih Kindle ne more razrešiti, čeprav je večino besedilnih dokumentov mogoče prikazati z razumno natančnostjo. Tudi najnovejši model Kindle še vedno opozarja, da je podpora za PDF eksperimentalna in da se dokumenti morda ne bodo pravilno prikazali.
TXT
Navadne besedilne datoteke - označene z vrsto datoteke ".TXT" - Kindle v celoti podpira in imajo to prednost, da ustvarjajo zelo majhne velikosti datotek in skoraj univerzalno podporo v računalnikih in prenosnih napravah. Pomanjkljivost prikaza e-knjig v obliki zapisa TXT je pomanjkanje možnosti oblikovanja besedila in nobena podpora v dokumentu za opombe, ilustracije ali interaktivne funkcije. Kindle lahko doda lastne zaznamke datotekam TXT, vendar zagotavlja, da so datoteke še vedno uporabna in praktična izbira za e-knjige.
